Con l'arrivo dei francesi a Milano nel 1796, la Villa venne occupata. Il conte ne rivendicò la restituzione che avvenne solo parzialmente. Alla morte di Belgioioso nel 1801, gli eredi furono costretti a lasciare la villa agli occupanti. La Villa venne abitata dai familiari di Napoleone Bonaparte (Carolina Bonaparte ed il marito Gioacchino Murat, Paolina Bonaparte ed il marito Camillo Borghese) divenendo luogo di fastosi ricevimenti degni degli sfarzi della vita parigina. La Villa venne acquistata dalla Repubblica Cisalpina e donata dal governo a Napoleone divenendo così patrimonio della corona francese e da questo momento denominata Villa Reale. Fu dimora estiva del vicerè Eugenio Beauharnais che la arricchì con importanti opere d'arte, tappeti, argenterie e arredi e più tardi del generale Radetzky. A causa degli alti costi di mantenimento, la Villa venne messa in vendita senza risultati. Dopo l'unità d'Italia la proprietà passò allo Stato con l'intenzione di farne la dimora milanese dei Savoia che invece preferirono la Villa Reale di Monza, ma fu in ogni caso utilizzata come luogo di ricevimenti e di iniziative culturali. La Villa è strutturata a cinque corpi, secondo lo schema degli Hotels particulies parigini e si presenta con un muro divisorio e due ali di portici che ne staccano il blocco della residenza signorile. Passata al demanio nel 1919, la Villa Reale divenne Museo di Arte Moderna. Le sale interne di rappresentanza, che ospitano la Galleria d'arte moderna (degne di nota la collezione Vismara con opere di Tosi, Modigliani, De Pisis e Morandi e la raccolta Grassi) sono arredate con affreschi, sculture, mobili, candelabri e altri addobbi in grado di fornire al visitatore un'idea dell'arredamento signorile lombardo dell'età neoclassica. La parte più interessante dell'edificio è quella posteriore, che dà verso il suggestivo giardino all'inglese con un elegante gioco di colonne e pilastri. Le dimensione relativamente piccole, la presenza di un laghetto che si sviluppa tra macchie di alberi, sentieri e ponticelli in legno le numerose statue, costruzioni e tempietti, tra cui la Torre del Conte Ugolino, il Sarcofago di Laura e i templi Delle Parche e D'Amore conferiscono al parco un aspetto particolarmente tranquillo, raccolto e al tempo stesso romantico.